清洁生产目的有两个：一是判定出组织中不符合清洁生产的方面和做法；二是提出方案并解决这些问题，从而实现清洁生产。组织通过实施清洁生产审核实现减少污染、保护环境、节约资源、降低费用、增强组织和全社会的福利。
通过清洁生产审核，可实现：
(1) 核对有关单元操作、原材料、产品、水、能资源和废物的资料；
(2) 确定废物的来源、数量以及类型，确定废物削减的目标，制定经济有效的削减废物产生的对策；
(3) 提高组织对由削减废弃物获得效益的认识和知识；
(4) 判定组织效率低的瓶颈部位和管理不善的地方；
(5) 提高组织经济效益、产品和服务质量。
组织的清洁生产审核是一种对污染来源、废物产生原因及其整体解决方案的系统化的分析和实施过程，其目的旨在通过实行预防污染分析和评估，寻找尽可能高效率利用资源（如：原辅材料、能源、水等），减少或消除废物的产生和排放的方法，是组织实行清洁生产的重要前提，也是组织实施清洁生产的关键和核心。持续的清洁生产审核活动会不断产生各种清洁生产方案，有利于组织在生产和服务过程中逐步的实施，从而使其环境绩效实现持续改进。
